Di palebahan Palinggih Lingga Lingga Petak/Ulun Danu terdapat sebuah palinggih Meru Tumpang Telu yang di dalamnya terdapat sebuah sumur kramat yang menyimpan tirtha ulun danu. Di dalam sumur itu juga tertancap sebuah lingga besar berwarna putih dan diapit dua buah batu berwarna hitam dan merah. Tradisi yang diterima oleh masyarakat Hindu dan krama subak, palinggih ini difungsikan sebagai Ulun Danu dari Danau Beratan dalam konteks memohon kesuburan dan kemakmuran dan sebagai palinggih Bhatara Siwa dengan kekuatan Cadu Sakti-nya yang disimbolkan dari pemedalan yang menghadap ke empat penjuru mata angin. Paleban pura ini juga dikelilingi air danau.

Di palebahan Pura Dalem Purwa terdapat tiga buah bangunan yang semuanya menghadap ke timur. Palinggih pokoknya berupa Gedong Dalem yang difungsikan sebagai stana Bhatari Durga dan Dewa Ludra atau Dewi Uma Bhagawati. Gedong ini diapit oleh Bale Murda Manik yang difungsikan sebagai pemaruman dan di kanannya terdapat bale panjang yang difungsikan untuk meletakkan upakara saat piodalan.

Keberadaan Pura ini juga tidak terlepas dari konsep nyegara-gunung yakni pertemuan langsung dari Danau Beratan dengan Gunung Pangelengan. Pun, memiliki konsep lingga-yoni yaitu Danau Beratan dan Pura Ulun Danu Beratan sebagai Yoni dan Gunung Pangelengan (Pucak Mangu) sebagai Lingga Acala yang merupakan simbol dari sumber kemakmuran di bumi.

Berdasarkan beberapa sumber, Pura Penatana Ulun Danu Beratan diperkirakan didirikan pada zaman Bali Kuno yaitu dibangun oleh Mpu Kuturan dan dilanjutkan oleh beberapa tokoh yang sangat mempengaruhi perkembangan Pura ini. Namun sebelum Mpu Kuturan membangun Pura tersebut telah terdapat bukti-bukti peninggalan zaman megalitik, berupa batu-batu pipih yang lebar dan didirikan dengan tegak. Dalam Babad Pasek disebutkan guna menjaga ketenteraman masyarakat Bali, Mpu Kuturan membuat dan menyempurnakan kahyangan jagat yang berjumlah delapan buah yaitu Pura Besakih, Lempuyang, Andakasa, Goa Lawah, Batukaru, Beratan, Batur dan Uluwatu (Soebandi, 2003:40). Di Pura Ulun Danu Beratan terdapat peninggalan arkeologi seperti lingga yang disimpan di pelinggih padma tiga rong tengah. Di samping itu terdapat sumur kuno di pelinggih Lingga Petak atau Ulun Danu.

Secara umum, Pura ini sebagai tempat untuk memuja Ida Sang Hyang Widhi Wasa beserta berbagai manifestasi-Nya.Sedangkan, fungsi khususnya sebagai tempat melakukan upacara melasti, pakelem, nunas tirtha pamuput, ngaturan suinih, mapag toya. Hubungan subak dengan Pura Beratan sangatlah erat, mengingat pura ini merupakan pusat atau sumber air. Pura ini juga dijadikan tempat meajar-ajar terkait upacara Dewa Yadnya dan Pitra Yadnya.