Dari adanya sumber-sumber mata air ini dapat disimpulkan bahwa daerah ini pernah dijadikan tempat untuk bertapa bagi para Wanaprastin untuk menguatkan hidupnya menjaga Sad Kerti tersebut.

Sejarah
Kapan berdiri dan siapa yang membangun Pura Luhur Batukaru hingga kini belum diperoleh data secara pasti. Pasalnya, sampai saat ini sumber-sumber tertulis yang mengungkap keberadaan pura yang terletak di kaki Gunung Batukaru ini sangat minim. Akibatnya, untuk memperkirakan kapan didirikannya pura ini harus juga berdasarkan sumber-sumber atau bukti tak tertulis. Beberapa sumber tak tertulis seperti peninggalan purbakala yang diperkirakan berasal dari masa tradisi megalitik terdapat di dalam pura, dijadikan acuan untuk memperkirakan  waktu pendirian pura ini.Dalam buku ”Pura Luhur Batukaru” terbitan Dinas Kebudayaan Bali, Oktober 1994, disebutkan A.J. Bernet Kempres pernah melaporkan adanya temuan berupa menhir di lereng Gunung Batukaru pada ketinggian sekitar 700 meter di atas permukaan laut. Setelah dilakukan penelitian beberapa waktu lalu, laporan Bernet Kempres tersebut  terbukti kebenarannya. Buktinya? Di halaman dalam (jeroan) terdapat beberapa menhir dan onggokan batu. Onggokan batu yang dimaksudkan tersebut, oleh krama pangempon Pura Luhur Batukaru disebut Palinggih Kampuh. Dalam buku setebal 92 halaman tersebut juga ditulis bahwa Palinggih Kampuh itu merupakan medium pemujaan roh suci golongan Kebayan/Kubayan yang telah berjasa bagi masyarakat setempat.

Pada zaman megalitik, segala bidang kehidupan masyarakat berpusat pada penghormatan dan pemujaan arwah nenek moyang atau arwah pemimpin yang disegani. Kepercayaan kepada roh leluhur umum pada saat itu. Masyarakat percaya bahwa arwah roh leluhur itu berdiam di puncak gunung dan bukit yang memiliki kekuatan gaib yang diyakini dapat menolak bahaya dan memberikan kesejahteraan. Agar kesejahteraan tersebut bisa terpelihara dengan baik maka hubungan dengan dunia arwah dijaga dengan baik, salah satunya dengan mendirikan bangunan-bangunan megalitik seperti menhir sebagaimana yang dijumpai di Pura Luhur Batukaru.

Sementara untuk bukti tertulis — prasasti dan purana — mengenai keberadaan Pura Luhur Batukaru sangat minim. Bahkan, purana yang secara khusus mengupas keberadaan pura yang memiliki hawa sejuk ini sama sekali tidak ditemukan. Namun, ada beberapa sumber tertulis yang memuat secara selintas keberadaan Pura Luhur Batukaru ini, baik berupa lontar maupun sumber  kepurbakalaan lainnya.Ketut Soebandi dalam bukunya “Sejarah Pembangunan Pura-pura di Bali” menyebutkan, lontar-lontar yang memuat secara selintas keberadaan pura ini antara lain Babad Pasek, Usana Bali, Babad Pasek Toh Jiwa, serta Babad Buleleng. Sedangkan dalam buku “Pura Luhur Batukaru” menyebutkan  beberapa lontar lainnya, seperti Raja Purana Gajah Mada, Padma Bhuwana, Kusuma Dewa, Sang Kulputih, Babad Pasek Kayu Selem, Widisastra, Empu Kuturan, Dewa Purana Bangsul, juga memuat sekilas tentang keberadaan pura ini. Dalam hubungannya dengan sejarah pendirian pura ini, pada lontar-lontar disebutkan Pura Luhur Batukaru didirikan oleh Mpu Kuturan atau Mpu Rajakretha, sebagaimana  tertulis dalam lontar Usana Bali.Sementara mengenai data kepurbakalaan, di Pura Luhur Batukaru terdapat peninggalan berupa arca, candi, serta beberapa pusaka, seperti tombak. Sebuah arca kuno juga ditemukan di pura ini, yakni di Beji. Arca seperti ini juga ditemukan di Pura Tegeh Koripan di Gunung Penulisan, Kintamani.

Melihat coraknya, arca semacam itu diperkirakan merupakan peninggalan periode Bali Kuno sekitar abad X-XII. Melihat hasil-hasil temuan itu, dan dipadu dengan sumber-sumber tertulis lainnya, Pura Luhur Batukaru ini dapat diduga berdiri pada abad XI. ”Jadi berdasarkan data epigrafis tersebut, dapat memberikan petunjuk bahwa Pura Luhur Batukaru dibangun pada zaman pemerintahan Raja Cri Masula-Masuli berkuasa di Bali,” tulis I Ketut Soebandi. (*)

Setelah pendirian Pura Luhur Batukaru pada abad ke-11 tersebut kita tidak mendapat keterangan dengan jelas bagaimana keberadaan pura tersebut. Baru pada tahun 1605 Masehi ada keterangan dari kitab Babad Buleleng. Dalam kitab tersebut dijelaskan bahwa Pura Luhur Batukaru pada tahun tersebut di atas dirusak oleh Raja Buleleng yang bernama Ki Gusti Ngurah  Panji Sakti.Dalam kitab babad tersebut diceritakan bahwa Kerajaan Buleleng sudah sangat aman tidak ada lagi musuh yang berani menyerangnya. Sang Raja ingin memperluas kerajaan lalu mengadakan perluasan ke Tabanan. Raja Ki Gusti Ngurah Panji Sakti dalam perjalanan bertemu dengan daerah Batukaru yang merupakan daerah Kerajaan Tabanan. Ki Gusti Ngurah Panji Sakti bersama prajuritnya lalu merusak Pura Luhur Batukaru. Pura tersebut diobrak-abriknya. Di luar perhitungan Ki Panji Sakti tiba-tiba datang tawon banyak sekali galak menyengat entah dari mana asalnya. Ki Panji Sakti beserta prajuritnya diserang habis-habisan oleh tawon yang galak dan berbisa itu. Ki Panji Sakti lari terbirit-birit dan mundur teratur dan membatalkan niatnya untuk menyerang kerajaan Tabanan. Karena pura tersebut dirusak oleh Ki Panji Sakti maka bangunan pelinggih rusak total. Tinggal onggokan berupa puing-puing saja.

Baru pada tahun 1959 Pura Luhur Batukaru mendapat perbaikan sehingga bentuknya seperti sekarang ini. Pada tahun 1977 secara bertahap barulah ada perhatian dari pemerintah daerah berupa bantuan. Sampai sekarang Pura Luhur Batukaru sudah semakin baik keadaannya. (dari berbagai sumber)