Masjid Misykatul berlokasi di Jl. Raya Denpasar – Gilimanuk No.16, Bajera, Kec. Selemadeg, Kabupaten Tabanan. Terletak di pinggir jalan utama Denpasar – Gilimanuk, tepatnya berada sekitar 100 meter di sebelah barat pasar Bajera (disisi utara jalan). Didukung dengan lingkungan yang bersih kegiatan ibadah yang dilakukan umat muslim pada Masjid Misykatul menjadi lebih nyaman dan tenang.