Pura Ulun Danu Beratan tahap demi tahap diperluas dan disempurnakan bersama dengan rakyatnya, sehingga menjadi Pura Kahyangan Jagat. Pura Ulun Danu terdiri atas empat kompleks pura. Kompleks pelinggih Lingga Petak, kompleks Pura Pesimpangan Puncak Mangu, kompleks Pura Pesimpangan Terate Bang dan kompleks Pura Dalem Purwa.
Kompleks yang paling timur adalah pelinggih Meru Tumpang Tiga stana Lingga Petak. Pura ini dikelilingi oleh tembok penyengker dengan empat pintu berupa candi bentar yang menghadap keempat penjuru. Demikian juga pintu merunya juga ada empat pintu yang juga mengarah ke empat penjuru. Tahun 1968 konon pura ini pernah dipugar. Ternyata di dasarnya terdapat tiga buah batu besar. Yang paling besar adalah batu dengan warna putih bulat panjang diapit oleh batu yang lebih kecil dengan warna merah dan hitam terletak berjejer. Di bawah batu putih itu keluar mata air. Karena itulah pelinggih Meru ini disebut linggih Lingga Petak. Meru Lingga Petak inilah sebagai pemujaan Batara Ulun Danu Beratan.
Menurut Drs. I Gst. Agung Gede Putra (alm) — yang pernah menjabat Kakanwil Depag Propinsi Bali dan juga pernah menjabat Dirjen Bimas Hindu dan Buddha Departemen Agama RI — Meru Tumpang Tiga ini mungkin sebagai bentuk pemujaan Siwa Lingga yang pada zaman megalitikum dipakai wujud Lingga Yoni. Pemujaan Tuhan dengan sarana Lingga Yoni untuk memohon kesuburan pertanian. Gunung Mangu sebagai Lingganya dan Danau Beratan sebagai Yoninya. Melalui pertemuan dua unsur alam itulah Tuhan menciptakan kesuburan.
Kompleks yang kedua terletak di sebelah barat Pura Lingga Petak adalah Pura Pesimpangan Puncak Mangu. Dalam Lontar Usana Bali, Puncak Mangu dinyatakan sebagai pemujaan Hyang Danawa. Dalam hal ini Pura Lingga Petak sebagai Purusanya dan Pesimpangan Puncak Mangu sebagai Pradananya. Pertemuan dua unsur inilah memunculkan kesuburan. Dari kesuburan itu munculah tumbuh-tumbuhan dengan Dewanya Sang Hyang Sangkara.
Kompleks yang ketiga merupakan kompleks yang arealnya paling luas adalah kompleks Pesimpangan Pura Terate Bang. Di Pura ini ada pelinggih utama adalah Meru Tumpang Pitu sebagai pemujaan Batara Brahma. Ada pelinggih Kamulan sebagai pemujaan roh suci (Dewa Pitara) dari leluhur raja. Di samping itu ada banyak pelinggih pesimpangan. Ada pelinggih Padmasari Rong Tiga sebagai pemujaan Sang Hyang Tri Purusa. Pelinggih Gedong Manjangan Saluwang sebagai stana Mpu Kuturan. Ada Gedong untuk Ratu Pasek. pda Pelinggih Limas Catu untuk Batara Rambut Sadana. Ada Gedong Limas Mujung untuk Batara Penyarikan. Ada juga palinggih Paruman Alit sebagai stana Batara Kabeh dan banyak lagi ada pelinggih pesimpangan.
Kompleks keempat di bagian pojok tenggara dari kompleks Terate Bang adalah Pesimpangan Dalem Purwa. Palinggih yang paling utama di Pura Pesimpangan Dalem Pura ini adalah sebuah Gedong Pelinggih Batari Uma Bhagawati sebagai Saktinya Batara Siwa pemberi kebahagiaan.
Meskipun pura ini sebagai Pura Ulun Danu yaitu hulunya kehidupan pengairan di pura ini juga dipuja Batara Tri Purusa dan Batara Tri Murti. Tuhan jiwa alam semesta dan Tuhan sebagai pencipta, pemelihara dan pemralina.
Di jeroan Pura Penataran Agung terdapat beberapa pelinggih yaitu meru tumpang pitu, berbusana serba merah difungsikan sebagai stana Dewa Brahma dan difungsikan pula sebagai pesimpangan Pura Pucak Teratai Bang yang berlokasi di dalam Kebun Raya Eka Karya Bali.
Di Pura Penataran Agung ini juga terdapat Padma Lingga yang difungsikan sebagai pesimpangan Pura Puncak Sangkur. Di sebelah barat meru tumpang pitu terdapat sebuah palinggih Padma Tiga yang merupakan stana Hyang Tri Purusa-Siwa, Sada Siwa dan Parama Siwa. Inilah yang menjadi pelinggih pokok di Penataran Agung.
Di sisi barat laut dari pelebahan ini terdapat jajaran berapa palinggih yaitu Taksu, Gedong Sari, Gedong Catu Mujung, Catu Meres, Gedong Simpen, palinggih Manjangan Saluang sebagai palinggih Maspait atau Mpu Kuturan yang juga sering disebut sebagai palinggih Ratu Pasek dan Meru Tumpang Telu sebagai stana Ratu Pande. Di sebelah selatan dari jajaran pelinggih tersebut terdapat sebuah gedong kereb yang disebut pula palinggih Bala Tama dan di sudut tenggaranya terdapat sebuah pelinggih Bale Kawas (Ulun Bale Agung) yang juga difungsikan sebagai penghayatan ke Pura Pucak Kayu Sugih.
Di palebahan Pura Tengahing atau Telenging Segara terdapat Meru Tumpang Solas sebagai stana Dewa Wisnu dan difungsikan pula sebagai pesimpangan Bhatara di Puncak Mangu (Gunung Pangelengan) serta difungsikan sebagai palinggih Ida Bhatara Dewi Danu. Palebahan Pura ini dikelilingi air danau.